S oběma obory budeš mít uplatnění dost dobré. V obou oborech si budeš vybírat z nabídek firem, co ti budou nabízet práci.
Tvoje uplatnění bude záviset mnohem více na tom, jak dobrý v tom oboru budeš, než jaký obor to bude. Jestli tě zajímají peníze, tak obecně platí, že čím blíže to má k programování, tím více je v tom obvykle peněz.
Jinak ta mikroelektronika je obecně širší obor (v rámci něj se jistě budeš dále specializovat, ale dostaneš hodně široké elektrotechnické základy). Ta aplikovaná informatika je celkově spíš specializovaný meziobor. Ten záběr bude užší, ale o uplatnění bych se fakt nebál. Programování + cokoliv je obecně velmi dobrá kombinace.
Já bych se na tvém místě v první řadě orientoval podle toho, co tě nejvíc láká, co tě nejvíc zajímá. Tím je totiž větší šance, že v tom oboru budeš více vynikat (a tím pádem budeš atraktivnější pro zaměstnavatele).
Jestli máš pocit, že je pro tebe nejvíc mechatronika a tento rok se tam nemůžeš dostat, tak zvaž, jestli nestudovat něco nejvíce příbuzného (z hlediska školy co to nabízí) a pak zkusit přestoupit. U přestupu v rámci školy se většinou řeší dosavadní známky (na té škole). Případně rok něco studovat a pak si zkusit do té mechatroniky podat přihlášku do prvního ročníku.