Já mám pocit, z mých skromných pozorování, že od uefi bootu se při instalaci linuxu na zavaděč windows vůbec nesahá.
Když mi vyměnili základní desku, tak se mi bootoval jen windows, a tehdy jsem v nastavení biosu nastavoval primární zavaděč. Takže žádná oprava zavaděče windows není potřeba, ale prostě jen stačí smazat linuxový oddíl. Ale samozřejmě, nemusí to být pravidlem.