Čas od času se objeví nějaké nástroje, ale nevím o ničem, co by se tak říkajíc "ujalo".
Nejjednodušší je porovnat to SQL dotazy, nebo v některých případech se dají diffem porovnat exporty/dumpy.
Optimální cesta se musí najít podle případu - počet tabulek, délka dat, šířka dat....
Poznámka na okraj: správně by v databázích taková potřeba neměla vyvstat, když je potřeba trackovat změny, hlídají se už rovnou v databázi. Jako mimořádnou situaci, kdy je to potřeba, si dovedu např. představit slučování dat se zálohou po havárii.