man rsync
-u, --update skip files that are newer on the receiver
Samozřejmě záleží jestli nechceš opravdu conflict resolution když změníš soubor na obou počítačích. Pak si to musí držet nějaká metadata bokem a to asi rsync umět nebude. Šlo by něco jako "find . -newermt poslední_synchronizace", což ti ty soubory vypíše, pak si ty seznamy diffneš, a když se jeden soubor vyskytuje v obou, tak to vyhlásíš uživateli.