Je to úložiště certifikátů a privátních klíčů. Neukládají se do toho žádné soubory, jenom certifikáty, veřejné klíče a privátní klíče. Heslo chránící Java Keystore je určené jenom pro ověření integrity dat, k obsahu se ale dostanete i bez něj. Privátní klíče v úložišti jsou ale chráněné svým vlastním heslem. Často se to používá tak, že heslo pro keystore i heslo pro privátní klíče je to stejné, software se vás pak ani neptá na heslo znova.
.ppk je pokud vím formát, který používá Putty. Pokud z něj vyextrahujete klíče, můžete je uložit i do Java KeyStore. Ale proč byste to dělal? Putty s formátem JKS pracovat neumí.