Za mě Python, Groovy, Java. Vše je multiplatformní.
Pro výuku a testování drobných nástrojů a skriptů se dost hodí interaktivní konzole, tu má python, groovy i java (od verze 11 má jshell. Zabalit aplikaci jako exe umí všechny tři varianty (tedy nevím jak Groovy). C# Net nepoužívám, ale je to taky dobrá varianta srovnatelná s javou, akorát je tam menší multiplatformnost (pokud se omezíte na Core tak by to mělo být lepší).
Doporučení pro javascript nesdílím, i když s nodejs můžete i v javascriptu přistupovat k systému. Osobně bych si tuto variantu ale nevybral.