No, řekl bych, že klíčové rozhodnutí bude:
Mají data povahu stromu (jsou hierarchická)? Jestli jo, bude ti stačit nějaká dokumentová databáze (Mongo atp), jestli jde o obecný graf (jsou tam cykly, článek obsahuje seznam komentářů a ty zas říkají, v jakém článku jsou), potřebuješ něco sofistikovanějšího. Doporučil bych se držet hierarchických dat, pokud je to možné.
Teď budu možná mít blbě terminologii, ale objektová databáze umožňuje ukládat objekty ve smyslu OOP, tj "data + kód" v databázi. Tak to alespoň dělá GemStone. To je něco ještě o úroveň složitějšího než co jsi tu popisoval, představ si třeba, že Virtual Machine nějaké běžící Java aplikace zároveň vykonává kód z více klientů najednou, a zároveň se persistuje na disk, když se vypne zapne počítač, je možné ji obnovit v tom stavu, v jakém byla před vypnutím.
Ale to je bohužel spíš zajímavost ze světa Smalltalku/GemStone, nevím jestli se to dnes někde jinde v praxi používá. Úvod je třeba tady:
http://www.laputan.org/pub/sag/gem.PDF