Je to jedno, aplikace sahá do home v okamžiku spuštění, nikoli v okamžiku instalace.
Dále, „nahrát home zpět“ je tak nějak zbytečné, stačí ho jenom nemazat (pokud neplánuješ např. přejít na jiný souborový systém nebo udělat LVM/dm-crypt/RAID/..., pak je samozřejmě potřeba souborový systém znovu vytvořit).
A vůbec, asi to bude záviset na tom, čeho se snažíš přeinstalací docílit. Pokud to jsou problémy s funkčností, pravděpodobně přeinstalace nepomůže; pokud to je nákaza malwarem, je velmi pravděpodobné, že je nakažený i home a jeho nahráním zpět bez vyčištění si to tam zavlečeš znovu.