Mám dojem, že v každém linuxu je soubor /etc/protocols a v něm je seznam známých IP protokolů.
K otázce: server poslouchá na konkrétním portu a protokolu, měl byste vědět, co chcete povolit. Co potřebujete. Web, ssh, rdp apod. standardně běží na tcp. Nějaký voip běží standardně na udp.