Neinstaloval jste ten Gimp náhodou se sudo?
Jednou se mi něco takového stalo, chovalo se to pak strašně divně, dokonce se kvůli tomu nedalo přihlásit do Gnome. Příčinou byla špatná práva na adresáři ~./local/share/flatpak.
Řešením je spustit na tom adresáři chown username:usergroup -R nebo smazání celého adresáře a nová instalace Gimpu pod uživatelem bez sudo.