Správný postup je hlavně držet konfiguraci serveru v orchestračním nástroji, jako je třeba Ansible, a při upgradu mezi major verzemi nejlépe neupgradovat, naopak nainstalovat novou verzi na testovací server, třeba ve virtuálce, naorchestrovat Ansiblem, poladit skripty a změny, pak zazálohovat data na starém serveru, přeinstalovat, naorchestrovat a obnovit data, to je ideální postup, veškeré konfigurační změny vždy držet v ansiblu...
Jinak o něco více prasácký postup je používat LVM snapshoty při upgradu, ale já upgrade teda nedoporučuji, vždy se něco rozbije.
Zálohování /etc a /var je věc, kterou budu dělat na bastlící mašině, na které mi moc nezáleží, ale určitě né na produkčním serveru, dlouhodobě je takovýto způsob managementu nereálný. Za čas vlastně zapomeneš, co jsi kde nastavoval, proč a co jsi kde měnil a ztratíš se v tom, kort v případě, kdy ten server budeš provozovat třeba 10 let - vím, že tam moc lidí nevidí, ale to je realita všedního dne.
Navíc ideálně při migraci serveru by si měl migrovat ze starého serveru na jiný server, neměl bys to dělat v rámci jednoho serveru třeba přes noc, to je docela riskantní. Provozovat jeden server je vždy spíše bastlení než reálná administrace.