Chce to vyřešit všechna místa, kam se mohou data podít, tedy i například swap (ten lze šifrovat náhodným klíčem, pokud nepotřebujete hibernaci) nebo adresáře, kde se může objevit core dump.
Pro existující instalaci: Chcete vyřešit i stávající data? Pokud ano, bude asi "zajímavé" vyřešit jejich secure erase. V případě SSD bych pak ani o jiné možnosti než překopírování jinam a secure erase celého SSD neuvažoval.
ECryptFS nemá moc výhod. Co si vzpomínám na výkon, bylo to výrazně horší. Dále tu je omezení délky názvů souborů a AFAIR nepodpora sparse files. Nějak se s tím žít dalo, ale pokud není problém mít LUKS partition fixní velikosti, není moc důvod. Navíc se tím neřeší swap (ano, je možné každé vyřešit jinak, swap pomocí eCryptFs asi fakt nechcete...) a leakuje to více metadat, ale to už je jen takový "bonus".
Pro úplnost, EncFS, co jsem naposledy viděl, bylo vesměs kryptograficky hůře navržený klon eCryptFS, navíc přes FUSE.