Asi se na to hodí bacula / bareos, ale není to tak stabilní, jako komerční řešení a celá filozofie toho systému je víc než prehistorická. Bohužel, komerční řešení se většinou nezaměřují na linux, když už agenta mají, tak jen okrajově.
Pokud něco moderního, pak má smysl provozovat virtuální stroje, a ty zálohovat pomocí Veeam Backup. To nemá ve světě OSS žádnou rozumnou alternativu.
Pokud nemáte požadavek na archiv (vracení se v čase), pak je rsync dobrým jednoduchým řešením.
Pokud chcete k rsyncu přidat aspoň nějakou možnost vracení se v čase, pak stojí za to zvážit a) zálohování na ZFS + deduplikace (náročné na RAM!), b) ZFS + snapshoty.
Řešení je hafo, musíte najít to, co bude sedět nejen na situaci, ale i Vašemu naturelu.