K tomu, co napsal Franta, doplním ještě jeden rozdíl. Velcí poskytovatelé služeb, kteří mají servery na více místech, používají DNS pro směrování na nejbližší server. Když to zjednoduším, když dotaz na jejich DNS server přijde z Evropy, v odpovědi pošlou IP adresu evropského serveru, když DNS dotaz přijde z USA, pošlou v odpovědi IP adresu serveru v Americe. Pokud byste byl u většího ISP, může se stát, že s nějakým poskytovatelem obsahu má speciální peering, a na dotazy z DNS vašeho ISP bude odpovídat příslušnou IP adresou. Když ale použijete DNS server CZ.NIC, bude to bráno jako dotaz „odněkud z ČR“ a třeba vás to pošle na server, který z hlediska infrastruktury vašeho ISP není tak výhodný (bude třeba dál, takže budete mít větší latenci).
A ještě jedna věc – pokud ISP poskytuje vlastní DNS servery, měly by ty servery překládat samy od kořenové zóny, ne být napojené na servery NIC.CZ nebo Googlu. Tyhle otevřené servery jsou pokud vím určené pro koncové uživatele, a nedává moc smysl, aby se jich dotazovaly servery ISP – nepřináší to nikomu žádné výhody, spíš jen nevýhody.