ten dodatečný konfigurační soubor může být na fuse a implementovat jednoduché fuse v php není taková tragédie a pak jsi schopný podstrčit daný soubor, po spuštění apache má konfigurace v paměti a je pak nutné volat reload/restart podle typu změny.
Nebo se na to vykašlat a nedělat věci jinak než jsou navržené někým, kdo s tím má mnohem větší zkušenosti a věděl proč to tak dělá. Nechat automatizovaně měnit konfiguraci apache znamená obrovskou díru do systému.
Popiš k čemu to máš a pak se uvidí, jestli je i jiná možnost.