Vy se mi snad zdáte… Vždyť jste sám psal o tom „zástupu“ – proměnné 
%i, tak jsem myslel, že víte, co to znamená. To by mne zajímalo, co jste si myslel o tom, jak to vlastně funguje. Nebo ne, radši to ani nechci vědět.
Když vytvoříte jednotku s názvem 
unison@.service (důležitý je ten zavináč), znamená to, že jste vytvořil šablonu. Pak můžete spouštět libovolné množství služeb podle téhle šablony tak, že za zavináč přidáte jméno instance. Takže  
unison@share.service je služba nazvaná 
unison@share, která je nakonfigurovaná podle šablony 
unison@.service. A právě to 
share se doplní za parametr 
%i v jednotkovém souboru.
Možnosti máte asi tři. Buď si pro každé unison sdílení vytvoříte samostatnou jednotku, kde si vše nakonfigurujete, a ty jednotky spolu nebudou mít nic společného. Nebo použijete ty šablony a parametr 
%i, pak ale musíte mít jednotky pojmenované tak, abyste pomocí toho parametru 
%i dokázal odkázat konkrétní soubor s konfigurací. Třetí možnost je použít také šablony, ale využít toho, že konfiguraci každé jednotky je možné přepsat, např. pro systémovou jednotku 
unison@share.service to uděláte v souboru 
/etc/systemd/system/unison@share.service.d/override.conf (pro vás bude lepší použít příkaz 
systemctl edit unison@share.service). V tom konfiguračním souboru pak nakonfigurujete proměnnou prostředí, kterou pak použijete v tom souboru se šablonou. Pak můžete mít ty cesty ke konfiguračním souborů úplně rozdílné, prostě v konfiguraci každé instance uvedete celou cestu ke konfiguračnímu souboru.
Každopádně doporučuju přečíst si 
manuálové stránky systemd, alespoň 
systemd.service a 
systemd.unit.