Řešení nemám, ale jen bych chtěl vyjádřit soustrast s používáním rdiff-backup. Podobných divných chyb je tam celá řada. Sám jsem ho používal na různé účely a tak jednou za půl roku, za rok se stala podobná chyba (ne přímo tahle, ale podobné). Zejména když člověk přeruší zálohu (třeba protože vidí, že zálohuje něco, co nechce), je riziko maléru skoro 50 na 50. Řešení jsem pokaždé hledal, ale neexistovalo (kromě „smaž všechny zálohy a začni znovu“). Software už je to neudržovaný a kvůli tomuhle dost o nervy.
Nakonec jsem skončil s tím, že zálohuju na btrfs a přírůstky dělám snapshotama. Jediná nevýhoda oproti rdiff-backup je ta, že to má nekomprimované přírůstky, ale většinou u těch přírůstků stejně není moc komprimovat, takže mě to tak nepálí (btrfs sám o sobě komprimovaný je). Naopak výhod to má celou řadu, od bezproblémového běhu, po velice snadné procházení záloh včetně selektivního promazávání i jednoho souboru, i jedné zálohy uprostřed apod.
Rdiff-backup už nikdy více! (sorry za zaplevelování vlákna)