Poradit neumím, ale můžu potvrdit, že podobné problémy jsem také zažil (v mém případě bylo na druhé straně FreeBSD). Nakonec jsem ztratil nervy a přehodil jsem tunel na GRE, což mi zafungovalo správně. Nijak hlouběji jsem to už pak nezkoumal, ale myšlenky, které jsem měl, a na které můžete možná navázat byly: 1) tunely nejsou připravené na NAT, chtějí být (rozumně) stateless, 2) nesoulad IP po NATU = bazální narušení bezpečnosti, které musí být protokolem podchyceno.
Moje řešení tedy nakonec bylo stanovení pořadí podle situace: 1) ipip, 2) gre, 3) jakákoliv VPN (statefull).