Tohle nesouvisí s aplikací (Netbeans), ale s desktopovým prostředím. Např. v KDE si nastavíš klávesovou zkratku zde:
Nastavení systému / Zkratky / Globální klávesové zkratky / Ovládací modul KDE / Minimalizovat okno
Dáš si tam třeba F12 nebo něco, co nepoužíváš k jiným účelům, a jednou klávesou minimalizuješ libovolné (právě aktivní) okno.