V kódu nemáte třídu Complex, takže můžeme spíš jen hádat.
Matici máte uloženou jako jedno velké pole, takže v paměťovém prostoru JVM to musí být uložené jako jeden velký souvislý kus paměti. Ušetříte tím reference a mohlo by to být výhodné, pokud by se ta paměť alokovala jednou a efektivně a pak už se s tím nemuselo hýbat. Vy to pole ale při volání exp() alokujete pokaždé znova. Takže bych zvážil, zda nemůžete použít pool objektů Matrix, možná dokonce můžete pole modifikovat na místě a stačí vám jediná instance. Také bych zvážil změnit matici na pole polí.
A pak je tu ten tajemný typ Complex. Každý prvek matice je objekt, tedy v poli je jen reference, která ukazuje bůhvíkam do paměti. V nejhorším případě musí procesor v každé iteraci toho dvojitého cyklu čekat, až mu dorazí data z hlavní paměti. Tipoval bych, že typ Complex bude ve skutečnosti něco velmi jednoduchého, třeba dva inty. Ty by pak bylo mnohem lepší uložit přímo do pole, bez referencí – procesor pak bude mít všechny hodnoty pěkně vedle sebe a pojede po řádku cache. Sice to pak nebude hezké objektové, ale to už nemáte stejně, když tam používáte to pole a cyklus přes všechny prvky.
Když už to budete „deobjektovat“, odstranil bych i ta volání funkcí compa setComp, a pokud matici necháte jako jedno velké pole, pak bych i ten dvojitý cyklus přepsal na jednoduchý. Co jsem slyšel, runtime optimalizace v JVM na ARMech nejsou žádná sláva, takže bych nespoléhal, že to inlinuje JVM a udělal bych to ručně. Stejně už teď ten kód není objektový a hezký :-)
A samozřejmě, jak napsal předřečník, nejvíc ušetříte tím, pokud správně popíšete problém, který řešíte – a zjistíte třeba, že ta vaše matice není úplně obecná matice, ale má některé speciální vlastnosti, které můžete s výhodou použít pro optimalizaci.
Jinak RPi a Java je pro řízení robota zajímavá kombinace, ani RPi (předpokládám s Linuxem) ani obecná Java nejsou realtimeové systémy, není tam garantovaná odezva. Všechno může dlouho krásně fungovat, a pak Java spustí GC nebo něco naplánuje Linux a váš program se najednou zastaví na mnohem delší dobu, než obvykle. Rozmyslete si, co to s robotem udělá.