Dle mého je to celkem jedno.
Nejspíš skončíš v CEITECu (protože nanotechnologie) díky někomu, kdo ti z fakulty pomůže.
Ve výsledku bude celkem jedno jestli MUNI nebo VUT, ale bude to hlavně o tvém zájmu a schopnostech.
FSI očekávej s více inženýrským přístupem (aplikace metod, asi i méně teorie).
MUNI si zase myslím, že bude hodně založená na teoretickém základu a pochopení fyziky/chemie okolo.
Ale to jsou moje názory, takže se na to neupínej.
Každopádně tohle se řeší právě v tom CEITECu a to je blíž FSI.
Případně kontaktuj někoho z těchto pánů a dam:
https://www.ceitec.cz/pokrocile-nanotechnologie-a-mikrotechnologie/t1411