Děkuji všem za rady, problém jsem nakonec vyřešil ke své spokojeností pomocí BorgBackup (děkuji p. Vanišovi za doporučení). Deduplikace je v mém případě asi 5x rychlejší než pomocí rdiff-backup.
Kdyby se to někomu hodilo, posílám část zálohovacího skriptu (qemu+libvirt, borg):
virsh snapshot-create-as --domain $serverName $snapshotName --diskspec $diskName,file=$snapshotPath$snapshotName --diskspec sda,snapshot=no --disk-only --atomic # nad virtuálním diskem si vytvořím snapshot, do kterého se zapisuje během zálohování
borg create -C zlib "$borgPath::`date +'%Y-%m-%d_%H-%M'`" $imagePath$diskFile # zálohuji
virsh blockcommit $serverName $diskName --wait --active --verbose --pivot && # data ze snapshotu commitnu zpátky do hlavního obrazu
virsh snapshot-delete $serverName --current --metadata # ... a snapshot smažu
borg prune -v --list --keep-daily=7 --keep-weekly=4 --keep-monthly=6 $borgPath # ještě smažu staré zálohy