MS-DOS (a následně Widle) mají dvoubajtový
CR LF.
Mac (a jiné mikropočítače jako ZX Spectrum) kdysi dávno měl
CR, nevím jak dneska.
Linux a další z unixu vycházející systémy mají
LF, což Notepad prostě nepobírá. Máš nějaký opravdu vážný důvod používat takový crippleware, když píšeš o dvou dalších editorech ve kterých to normálně funguje?

Můžeš zkusit nahrazení znaku LF těmi dvěma aby se ti to zobrazilo normálně, on by si s tím Linux měl potom poradit.