Ad 1) Bylo by potřeba vidět konkrétní e-mail. Obvykle je podepsaný celý e-mail – i samotné tělo e-mailu může být v e-mailu vložené vícekrát (např. čistý text a HTML), stejným způsobem, jako přílohy. Ale formát e-mailu je hodně obecný, je možné je do sebe různě vnořovat, takže vždy dokážete vyrobit e-mail, kde bude část podepsaná a část nepodepsaná.
Pokud posíláte textové dokumenty, je podle mne nejlepší udělat z nich PDF a to podepsat. Například fakturu pak takhle příjemce snadno vloží do účetního systému, a když jí z něj za pět let otevře, pořád dokáže podpis ověřit. Když podepíšete e-mail, dokument z něj se brzy osamostatní, a kdo pak má pátrat, kde je ten původní podepsaný e-mail.
Ad 2) Certifikát nemusíte ručně přikládat jako přílohu, zvolte, že jej má e-mailový klient přikládat k podpisu. Pro ověření podpisu je certifikát potřeba, takže je nejlepší ho k podpisu vždy přikládat. Je možné, že příjemce e-mailu už váš certifikát má (v osobních kontaktech nebo v nějakém firemním adresáři), ale je lepší na to nespoléhat. I kdybyste u certifikační autority povolil jeho zveřejnění, tam ho klient nejspíš nenajde, protože nebude vědět, u které autority by ho měl hledat.
Ad 3) Certifikát je celý veřejný, jeho součástí je veřejný klíč. Privátní klíč nikdy nikam neposíláte, ten je tajný a nikdo ho nesmí znát. Nastavte si program, kterým podepisujete, aby certifikát přikládal rovnou k podpisu – ověřující program jej pak umí rovnou použít. Když ho přidáte vedle jako přílohu, musel by si ho adresát importovat ručně do svého adresáře.