Tohle rozhodně není běžné chování MySQL. Nikdo by ji nepoužíval. Zdroj chyby může být kdekoli - od chyby HW, přes chybu konfigurace až po chybu v sestavení dotazu.
Ze kterého jazyka pocházel ten SQL dotaz? Který databázový ovladač byl použit? Byla databáze na localhostu nebo mimo?
Taky si myslím, že tohle není normální. Do databáze se sypala data z perlu. Databázový ovladač... nevím - je to podstatné, když nefungoval ani update z povelové řádky? Databáze na localhost. Čtení dat z php (pouze čtení). Transakce vyloučené (myisam, programátor transakcemi netknut). Hardware bych taky vyloučil, neprojevovalo by se to na tolika strojích a po kompletním přepsání aplikace ty stroje fungují dodnes. Z dnešního pohledu odhaduji, že mohlo jít o nějaké špatné sestavení nějaké speciálně vybrané prehistorické verze MySQL v Debianu. Stálo mě to jen spoustu nervů a vysvětlování, proč by se měla aplikace zahodit a pořídit jinde (aplikace byla odpad i z mnoha jiných hledisek). Každopádně tenhle incident důkladně prohloubil moji nedůvěru v MySQL.
Tak tohle vypadá na chybné použití databázového ovladače v Perlu. Vzpomínám si, že jsem kdysi dlouho hledal, proč mi MySQL neukládá data posílaná z Pythonu. Na vině bylo chybějící volání cursor.commit(), ačkoli jsem žádnou transakci neotevíral. Teď už to vím, protože mě to vyškolilo. Také vím, že při práci s databází se toho dá hodně pokazit.
Používání MyISAM se dnes už moc nedoporučuje, de facto k tomu ani není důvod. Vždyť ani pořádně neumí transakce. InnoDB je úplně jiný level. Nijak však nevylučuji, že se pro danou úlohu může hodit jiná databáze, např. SQLite ši PostgreSQL. Často bývá potřebný větší rozbor.