Toto se dělá běžně - za běhu se udělá snapshot virtuálního stroje a potom se zazálohuje tento snapshot. V závislosti na tom, co za aplikaci ve VM běží je vhodné, aby se při snapshotu daná aplikace uvedla do konzistentního stavu.
Na windows (Hyper-V) to nikde nemám, provozujeme ale pár vmware clusterů, ze kterých takto zálohujeme různými nástroji (Veeam, Avamar, VDP což je vlastně taky avamar...).