Osobne by som sa pozrel ako je nastavený parameter:
innodb_flush_log_at_trx_commit
Ak je tam 0, je to bezpečnejšie ukladanie, ale na takéto importy príliš pomalé. Dal by som tam hodnotu 2 aspoň počas importu. Moje servery nastavujem na 1 a nikdy sa mi nestratili dáta, samozrejme servery sú vždy na UPS.