Chce to trošku diagnostiky, tohle je věštění z koule.
Mají oba soubory stejné parametry (samplerate, bitová šířka atd.)? Hoď sem na ně výstup např. soxi soubor.
Dej sem celý příkaz toho mplayeru s jeho výstupem v debug režimu (-msglevel X , proměnná MPLAYER_VERBOSE, chce si s tím pohrát). Podstatné je sledovat, co mplayer s ogg a mp3 dělá jinak. Rovněž je potřeba vědět, zda to routuje do PA, nebo hraje napřímo do alsy.
Po probuzení bývají špatně nainicializované alsa moduly, dovedu představit, že se například modul zasekne při požadavku na změnu samplerate. Nebo se mu nepodaří probudit něco a pak nemůže číst pořádně soubory knihovny libmad, zatímco např. kodek pro ogg má zkompilovaný v sobě. Nevím, chce to diagnostiku
Ještě si u zasekávajícího mp3 spusť na mplayer strace, třeba bude vidět, v jakém volání se to zasekne.
strace -f mplayer .....