Tak pokud zálohuješ třeba rsyncem, stejně se přenesou jen změny, a pokud je na druhé straně inteligentní FS (btrfs, ZFS…), tak to i jen změny uloží (použij rsync --inplace). Akorát k tomu aby se změny zjistily, musí se celý ten soubor přečíst. Takže pokud jde o úsporu i při čtení (např. je ten virtuál prostě fakt velký), tak bych to zkusil.
Druhá věc je jestli to fakt pomůže, je možné, že FS, co tam bude, má důležité a často updatované struktury rozfrkané náhodně po disku, takže se stejně vždycky změní všechny soubory.