Git submoduly jsou víceméně vnořená repository s trochou té omáčky navíc, tj. dá se pak použít git submodule pro spuštění akcí nad všemi i vnořenými repository. Pokud toto nepotřebujete či nechcete můžete prostě spustit ve vnořeném adresáři git init . a vytvořit v něm repository a v něm pak verzovat samostatně. Jako bonus můžete ale nemusíte toto vnořené repository sledovat v tom vnějším.
Git má
Někdy může být problém, pokud už máte soubory podadresáře ve vnějším gitu zaverzované ale dál je chcete mít v samostatném repository(tj v předchozích commitech zůstanou ale v dalších už se k nim budete tvářit jako k jinému repository).To lze řešit třeba dočasným přesunutím podadresáře pryč a vytvoření commitu ve kterém tyto soubory odeberete z gitu. A pak vložíte podardresář zpět tentokrát už s vytvořeným repository. Ale myslím že toto nebyl váš původní požadavek.
Zkuste si s tím pohrát a uvidíte.
Jinak, omlouvám se pokud už to znáte, dobrá kniha o základech gitu je Pro-Git v
https://git-scm.com/book/en/v2 nebo v docela slušném překladu na [url]http://knihy.nic.cz[url] . Je to už trochu postarší kniha a git zas ušel kousek kupředu, ale prvních pár kapitol určitě stojí za přečtení pro pochopení základů jak to funguje a co od toho můžete očekávat.