V .NET nedělám, ale podle MSDN bych tipoval, že ti tam chybí toto.
XmlNamespaceManager nsmgr = new XmlNamespaceManager(doc.NameTable);
nsmgr.AddNamespace("hib", "urn:nhibernate-configuration-2.2");
Xml uzly totiž musíš kvalifikovat.
Koukni se k čemu slouží ten atribut xmlns.