Nevím, jakou očekáváš odpověď, tak snad toto ti pomůže:
Jako velcí hráči v oblasti webhostingu to asi nebude nikdy, ti si většinu uprvaví podel sebe, i když je základem pořád Linux/Apache/Php/MySQL.
Existují klikací aplikace pro administraci přes Web (Webmin a pro uživatele Usermin), ale ... vždy je nějaké Ale. (možná si další níže vzpomenou na další, mě to teď nějak vypadlo).
Jestli je to jen pár virtuálů, pak bych to asi neřešil ... povol si .htaccess, povol číst uživateli Apache a modify pouze root, v listingu zakaž vše začínající tečkou, pro uživatele a FTP použij třeba ProFTP (podobné nastavení jako Apache, akceptuje .ftpaccess, lze pomocí direktiv zneviditelnit složky, kam uživatel přes své FTP nemá přístup, nastavit R/RW ... a další).
U MySQL asi nejlepší phpMyAdmin (nezapomeň na SSL a smazat po instalaci adresář setup), uživatel má založenou databázi, k ní má plný přístup a k serveru pouze právo Connect.
Pokud ti to někdo bude chtít vážně shodit, a bude to umět, povede se mu to. Obecně toto je kompromis mezi bezpečností a použitelností.
Jo a samozřejmě zálohování (kdyby se fakt něco stalo) - nejjednodušší automysqlbackup pro SQL a rsync pro vše ostatní, včetně těch záloh SQL - sypat to někam ideálně mimo server.