Code blocker neznám, takže poradím jen "abstraktně". Jsou dvě možnosti. Buď musíš zajistit, aby program používal ve windows i v linuxu stejný knihovny. Tzn. projít projektovej soubor a vyházet vše, co nepotřebuješ. Koukám tiger radí jak.
Pokud i po vyházení zjistíš, že potřebuješ na winech např. mingw knihovnu, která na linuxu není či naopak, tak buďto musíš použít dvě verze projektovejch souborů, nebo podmíněnej překlad.
Jak udělat odmíněnej překlad je vícero způsobů. Pokud to IDE používá makefile, tak man make. Jinak zjistit v dokumentaci k IDE, jestli není nějaká možnost podmíněnýho překladu, poslední možnost jsou direktivy #pragma + C preprocesor. Je však možné, že tvoje kombinace IDE a kompilátoru nepodporuje ani jednu možnost.