Těžko říci, kde by mohla být chyba, ale já, když jsem si podobně formátoval flashku, tak se mi stávalo, že přes klasické přeformátování linux objevil oddíly, které jsem tam nikdy nevytvářel - pravděpodobně se jednalo o pozůstatky odstraněných oddílů. V takových případech mi zpravidla pomohlo přepsat alespoň počátek disku pomocí příkazu dd samými nulami před opětovným přeformátováním. (dd if=/dev/zero of=/dev/sdX