SOA záznamy se v DNS aktivně využívají, v praxi se s nimi setkávám poměrně často. Podle mě fungují dobře.
Ovšem trochu opruz je, že SOA nesmí v MNAME obsahovat alias. To někdy komplikuje situaci - když by třeba člověk chtěl používat striktně aliasy pro funkce strojů a A záznamy jenom pro konkrétní fyzické stroje, které ty služby poskytují.
Takže podle mě OP otevřel zajímavé téma, pojďme o tom diskutovat!
Neměl by, podobně jako MX a další ukazatele, ale je to (i dle zdůvodnění v RFC 1034 sekci 3.6.2) spíš doporučení poplatné sítím, kdy DNS vznikalo, než že by to bylo proti pravidlům (ostatně je tam explicitně zmíněno, že DNS servery by měly umět takový řetěz aliasů zpracovat).
Ale máte pravdu, teď jsem si vzpomněl, že jedna z věcí, co mě dost štve, je, že doména se SOA nemůže být zároveň CNAME.