Co se týče dll knihoven, tam by přece problém být neměl, protože ta by měla být stejně použitelná jak v projektech VS, tak Cygwinu (to je koneckonců jeden z důvodů její existence) -pokud ji lze zkompilovat jako dll. Asi bych začal tím, že bych se mrkl bych se do makefile té knihovny zda jsou nastaveny parametry pro slinkovaní v dynamicky linkovanou knihovnu.
Jen mám ten mlhavý dojem, že když jsi chtěl ve VS vkompilovat do projektu dynamickou knihovnu, musel jsi ji přidat do seznamu knihoven - jen už si jaksi nepamatuji kde přesně ten seznam najít a zda si to nepletu - je to už poměrně dlouho co jsem v tom naposled něco dělal;) . Minimálně ve Visual Basicu se to tak dělalo určitě.