Na tohle existujou nástroje jako "kdesu" nebo "kdesudo" - ty jsou pro KDE4, pro GNOME je to myslím "gnosu" nebo "gnosudo".
Napíšu do konsole "kdesu kate", zeptá se mě to na heslo (už ne v konsoli, ale v okýnku), a když ho zadám, tak mám editor "kate" v superuživatelském režimu. Spouštět kvůli tomu celý KDE4 jako root je opravdu nesmysl.