Evidentně jste ještě nevyzkoušel IntelliJ IDEA, tam je práce s SVN, GIT i Mavenem úplně v pohodě. Psal jste že neřešíte UI, takže by stačila i Community Edition (zadarmo).
Community Edition bohužel nemá ani podporu Java EE, Spring atd., které potřebuji. Je to sice jinak špičkové IDE, ale to hlavní, co mi na ní stejně jako na Eclipse bohužel nevyhovuje, je způsob práce s Maven projekty (proto mě prosím omluvte, že házím Eclipse a IDEA z tohoto pohledu do jednoho pytle).
V Eclipse musím mít workspace a projekty do něj složitě importovat, v IDEA je to o něco jednodušší, ale je to de facto převlečené totéž. Je to pro mě problém především v případě, kdy jsou stovky sub-modulů všelijak zanořených do stromových struktur a já je nechci otevírat všechny najednou (jak kvůli přehlednosti, tak kvůli HW zdrojům). K otevřeným modulům často potřebuji otevřít jeden modul z cizího projektu, nebo více verzí téhož modulu z rozdílných branchí (které mohou navíc být vycheckoutované samostatně). V Eclipse a v IDEA je to docela problém. V NetBeans nikam nic neimportuji a nenastavuji workspace. Pouze rovnou otevřu dané Maven moduly jako projekty, a mohu si jich otevřít paralelně, kolik chci. Ihned mohu začít buildit libovolný z nich a NetBeans si samy stáhnou chybějící závislosti z Maven repository. Přímočařejší to být nemůže.
Obě IDE také vytvářejí spousty svých workspace-specifických souborů, bez kterých si neškrtnou. Pokud bych pracoval na jednom stálém projektu, nastavím SVN/GIT ignore. V cizích modulech/projektech to ale udělat jen tak nemohu a ty soubory se mi tam pak motají, v nejhorším případě je tam mohu i omylem commitnout. NetBeans berou nastavení projektu pokud možno přímo z POMu, jen v opravdu výjimečných případech pro IDE specifické nastavení modifikují POM nebo vytvoří nějaký malý soubor. Lze to ale většinou obejít globálním nastavením Mavenu. Pracovní adresář s různými indexy atd. je striktně oddělený od projektů.
Dále obě IDE mají svůj specifický build projektů (napojený na Maven lifecycle více či méně úspěšně, nebo vůbec), který nemusí dopadnou stejně jako build přímo přes Maven. NetBeans buildí Maven projekty nativně, mám tedy 99% jistotu, že na Jenkinsu pak build dopadne úplně stejně jako u mě v IDE. Ano, přiznávám jednu podstatnou nevýhodu – může to být pomalejší.
Jestli je v IDEA něco trochu jinak, než jsem napsal, tak se omlouvám, ale je to proto, že jsem to tam třeba prostě nenašel, nebo nepřišel, jak na to, protože to není tak přímočaré a intuitivní (a i to právě považuji za problém).
Pokud jde o tu práci s VCS, tak je spousta úkonů, které se nevztahují na vývoj nějakého konkrétního otevřeného modulu. Třeba high-level správa projektů, kdy chci vidět skutečný stav v souborovém systému, procházení různých repositářů atd. Občas je rychlejší i některé úpravy (třeba v POM souborech) provést v texťáku přímo ze souborového systému nebo dokonce rovnou ve VCS repository. V sebelepším IDE tohle vše může být občas těžkopádné, ale nenapsal jsem, že to zavrhuji, oba způsoby se doplňují.