Apache kvuli hostingu, s nginx není úplně jednoduché vytvořit bezpečný hosting s izolovoáním jednotlivých webů, prostě to na to není přímo stavěné. Ale dá se a paradoxně daleko bezpečnější než s apachem.
Druhá věc je .htaccess, to v podstatě není problém, dá se celkem dobře přepsat do pravidel nginxu, ale jak už tu padlo lidi sou líní něco se učit a jedou ve starých kolejích.