Jak vypadají mounty těch systémových složek..? U mě takhle:
$ mount | egrep 'on / |/System/Volumes/Data'
/dev/disk3s3s1 on / (apfs, sealed, local, read-only, journaled)
/dev/disk3s1 on /System/Volumes/Data (apfs, local, journaled, nobrowse, protect, root data)
map auto_home on /System/Volumes/Data/home (autofs, automounted, nobrowse)
map -fstab on /System/Volumes/Data/Network/Servers (autofs, automounted, nobrowse)
Tzn. je tam read-only, sealed root, tam fakt nejde zapisovat.
Ale pak je tam reálný oddíl v /System/Volumes/Data, kde jsou pak r/w složky, připojené přes ten overlay (synthetic).
Tzn. obsah /Volumes je vlastně v /System/Volumes/Data/Volumes
Taky by tam mohly být omylem nastavené nějaké neměnné flagy v právech na adresář. Má to vypadat takhle:
$ ls -ldO /Volumes
drwxr-xr-x 4 root wheel hidden 128 May 2 11:39 /Volumes/
Finálně, možná blbost, ale má aplikace Terminal nastavena oprávnění na celý filesystém (Full Disk Access), v nastavení Privacy and Security?