.metadata prostě nesdílet - to je nejlepší řešení.
Prostě použij externí systém na správu projektů (maven, gradle, leiningen, sbt ... k výběru je jich hromada). Pokud to není možné, tak eclipse umí vygenerovat ant skript. Pak na jiném počítači stačí stáhnout projekt a naimportovat do eclipse či jiného vývojového prostředí.
Tímto se vyřeší i situace, kdy část týmu používá jiné vývojové prostředí.