Z toho co jste napsal mám pocit že ignorovaný soubor máte zároveň commitnutý do SVN. To bude ten problém.
Zazálohujte si soubor jinam, odstraňte ze SVN (delete, commit, update), nahrajte soubor zpátky, nastavte mu svn:ignore, a commitněte (adresář).
Tím docílíte, že při příštích commitech se bude soubor ignorovat.
Doufám, že zabere... Přeji krásný den ((-:
W