U techto veci muzes zkusit kill -9, pokud to neni v D stavu, pak rm na ten lock.
A pak pustit ty prikazy rucne trebars.
Co delal ten cron task - jen synchronizaci seznamu nebo opravdu nejaky update? to je celkem fujky jako - nechat se server aktualizovat takhle na blind... sem tam se objevi neco co vyzaduje interaktivni potvrzeni - treba to prave ceka na neco takoveho 
bez urazky, ale rady typu "mozes skusit" nie je to, co chcem pocut ked hrozi, ze po restarte mi to nenabehne. pockam radej na radu od niekoho, kto sa uz s niecim podobnym stretol a vie ako to vyriesit. ty to podla toho co pises s velkou pravdepodobnostou nebudes. nevadi, aj tak dakujem za snahu pomoct.
P.S. na nic to necaka, koli tomu je tam ten switch "-y" pre apt-get.
Akoze chapem ze server je oznacenie ulohy a nie HW... v dnesnej dobe su vsak IP KVM riesenia tak lacne, ze nechapem v com je problem si nejaky ten management HW pripojit externe.
Inak "riesenie" vo forme rebootu pre takuto volovinu (navyse ani len moc neupgradnes kernel) mi pride tiez uplne odveci.
kill -9, apt update a pripadne dpkg reconfigure.