Pokud má být šifrování k něčemu, je třeba původní (šifrovaná) data nejprve přepsat, a to tak, že několikrát (vzorky, náhodná čísla...). Pokud není přepsání dostatečný počet, dají se původní data obnovit. To platí pro klasické disky. U SSD je to trochu jiné, ale já bych 2-3x přepsal i je (jako doplněk "secure erase" funkce výrobce disků). Data pak po zašifrování disku obnovíš ze zálohy, kterou stejně určitě máš :-) Možnost zašifrovat oddíl bez ztráty dat podle mne neexistuje, a ani by to nebylo dobré (i když NSA má možná jiný názor).
Dále, pokud se to má jednoduše připojovat i při nefunkčním systému, tak jedině LUKS, protože jinak může nastat situace "kam jsem si napsal ty parametry...".