Nejspíš si ji namountoval jen pro roota a kopírovat zkoušíš jako běžný uživatel. Kopírovat samozřejmě jde, už jsem takhle kernel na RPi úspěšně měnil.
PS: zkopírovat to samozřejmě musíš do první partition (malá FAT) a přímo do jejího /, ne do adresáře /boot na druhém oddílu!