Místo apache-itk bych spíš doporučil nginx a PHP-FPM. Je to o dost výkonnější (i více než dvojnásobně), žere to o hodně míň paměti, nehrozí tam případný zisk rootovských práv, které ten Apache má, aby mohl měnit uživatele (pokud by se objevila díra, kterou by šlo využít) a umí to chroot. Na druhou stranu s tím může být problém, protože tam nefunguje .htaccess, takže záleží, jak moc ho hostované stránky potřebují. U chrootu je taky potřeba používat pro databázi 127.0.0.1 nebo ::1 místo localhost.
Místo FTPS bych doporučil SFTP (s chrootem). Já sám povoluji pouze SFTP s klíči, takže nehrozí uhádnutí hesla, a při prozrazení se zahodí jen ten ukradený klíč, nebo pokud najmete firmu, aby vám něco udělala, tak její klíč tam přidáte a po skončení práce zase odeberete, pro všechny ostatní se nic nezmění. Může tam být trochu problém s generováním klíčů u klientů, není to úplně triviální.