V Javě máte množinu tříd, které jsou dostupné na classpath, a z nich určíte jednu hlavní třídu, jejíž statická metoda main se při startu spustí. Aplikační classpath se při startu apliakce konfiguruje parametrem -cp příkazu java - předává se mu seznam, jednotlivé položky jsou buď adresář (ve kterém jsou v podadresářích podle balíčků přímo .class soubory na disku) nebo soubor .jar (který obsahuje .class soubory uvnitř). Případně je možné spustit aplikaci příkazem java -jar soubor.jar, pak je na aplikační classpath spouštěný soubor a další položky odkazované v manifestu toho JAR souboru, v manifestu může být určená i hlavní třída.
Každopádně doporučuji si o tom něco přečíst, není to věc, která by se dala vysvětlit jedním komentářem.