AFAIK se na server nenahrávají všechny lokální větve, ne? Teď si nejsem jistý, jestli se nahrává jenom aktuálně aktivní, nebo všechny, u kterých máš v konfiguráku daný, do jaké větve na serveru se mají nahrávat:
[branch "master"]
remote = origin
merge = refs/heads/master
Takže každopádně by šlo vytvořit novou větev, do konfiguráku napsat, s jakou větví na serveru se má mergovat a v ní vytvořit ty commity, který tam chceš mít.
Jestli to jde nějak jednodušeji, to nevím, ale docela o tom pochybuju.