Použijte místo urxvt třídu URxvt. Tu má okno vždy.
Když spustíte urxvt, tak má okno třídy urxvt a URxvt.
Když spustíte x-terminal-emulator tak má třídy x-terminal-emulator a URxvt.
Urxvt i rxvt akceptují také společné resources pro třídu Rxvt.
Také je možné, že akceptuje i resources pro xterm (XTerm). Tímhle si ale nejsem jistý.