TLDR: v pripade 2 rotacnich disku je to totalne jedno. V pripade 2 SSD je to vicemene jedno.
Long story:
Tak prvne, SATA Gen.3 je sice 6GT/s ale s 8b10b kodovanim, takze prenese 5Gb/s vcetne hlavicek = 625MB/s, prakticky cca 550MB/s payloadu. Pro uplnost dodam ze SATA je half duplex ... odpovida na aktualni request, pak se posle dalsi.
V klasickem (Intel based) PC je pripojen PCH (platform controller hub, puvodne jizni mustek) na kterem sidli SATA radic (dnes typicky 6-port pro desktop, nebo 8-port pro entry server, nekdy byvalo 6+4 pomoci druheho interniho radice, napr. v X99). Tohle vsechno je pripojeno k CPU pomoci rozhrani DMI - coz je vlastne ohnute PCIe se specialni power-on konfiguraci a malymi odlisnostma v elektricke vrstve. Stare kompy meli DMI 2.0 x 4, coz odpovidalo PCIe Gen2x4, novejsi pro chipsety 100-200-300-400 pak maji DMI 3.0 x 4 (znova PCIe Gen3x4 ekvivalent), az po nejtlustsi reseni v podobe DMI 3.0 x 8 (pro 500 chipsety, pozor, mozna jen Zxxx), pak se preslo na DMI 4.0 x4 ... u 600-series chipsetu.
Kdyz si vezmem prumerny priklad s tim DMI 3.0x4, tak to je 32GT/s (s 66b64b je to taky cca 32Gb/s), takze takovych 5Gb/s disku se tam vejde uplne pohodlne sest - bez omezovani. Rozhrani DMI je full duplex, na rozdil od SATA, takze vubec nezavisi jakym smerem ty disky budete pouzivat - jestli jich bude cteno 6 naraz do pameti, nebo 3 ssd na 3 ssd kopie zaroven.. pojede to na full - omezeni bude na strane poctu a pomalosti SATA rozhrani.
A pak tu mame AMD, ktere pouziva vzdy x4 PCIe pro chipset, ale generaci netusim ktera v jakem je.. neni to muj svet. Jen vim ze pro EPYC, ktery ma az 32 SATA portu na sobe, zadne omezeni neexistuje :)
Nektere desky disponuji pak diskretnim radicem, ten samozrejme visi na Gen2x1 az Gen3x2 pcie rozhrani z toho PCH a tudiz bude sdilet a omezovat to hlavni propojeni do CPU ve forme DMI.
A pak existuji SATA port multiplier chipy - ty fakticky sdili sirku SATA pasma, nekdy s velmi hodne, nebo jen malo hodne overheadem. Prakticky jsem je videl paradoxne jenom ve znackovych NAS/expadnerech, jako past na zakaznika :P